厦门市儿童医院
厦门市儿童医院（复旦大学附属儿科医院厦门分院）系厦门市卫生健康委员会管理的全民事业单位，是厦门市委、市政府重大民生工程项目，建设发展目标是建成集医疗、教学、科研、预防保健为一体的国内一流、省内领先的三级甲等儿童专科医院。医院由复旦大学附属儿科医院负责管理，秉承“一切为了孩子”的服务理念，努力为儿童提供安全、有效、方便、价廉的医疗卫生服务。
厦门市第五医院
厦门市第五医院(厦门大学附属第一医院同民分院)是由著名侨领陈嘉庚先生于1947年倡建，具有60余年的历史，是一所集医疗、急救、预防、保健、科研、教学为一体的公立非营利性三级综合医院。医院是国家级爱婴医院、福建省道路交通事故伤员救治定点医院、国际紧急救援网络医院。
厦门市中医院
厦门市中医院创建于1956年11月，是全国首批示范性中医院、三级甲等中医院，首任院长为全国著名老中医、爱国侨领陈应龙。历经半个世纪的发展，现为福建中医药大学附属医院、北京中医药大学厦门临床医学院、福建中医药大学临床医学院。医院在东南亚享有盛誉，是福建省对外中医交流的重要窗口。
厦门市第三医院
福建中医药大学附属厦门第三医院是岛外一所集医疗、教学、科研、预防保健为一体的大型三级乙等综合性医院、国家级爱婴医院、“省级文明医院”、福建医科大学、福建中医药大学临床教学医院、福建省临床住院医师规范化培训基地、于金明院士平台协助医院。
陆军第七十三集团军医院
陆军第七十三集团军医院是一所集医疗、教学、科研、保健、疗养为一体的三级甲等综合性军队医院。是陆军第七十三集团军医院，安徽医科大学、福建医科大学、第四军医大学、南昌大学医学院临床学院。是厦门市首批城镇职工医疗保险定点医院、福建省首批交通事故救治伤员定点医院、厦门市工伤救治定点医院，是厦门市医保定点单位。
厦门医学院附属第二医院
厦门医学院附属第二医院(厦门市第二医院)前身为创办于1898年的鼓浪屿教会医院，2003年底根据市委市政府统-部署迁至集美区，承担着辖区及周边100余万群众的医疗、预防、保健、康复服务以及急重危难患者的诊治、区域内各种突发事件的紧急医学救治以及落实医改分级诊疗任务等。2015年成功晋级三级甲等综合性医院，2017年成为厦门医学院的直属附属医院，现已成为是厦门岛外唯一-所集医疗、教学、科研、急救为一体的三级甲等综合性公立医院。
厦门市同安区皮肤病防治院
厦门市同安区皮肤病防治院是厦门地区唯一的一家集临床、科研、预防、保健、康复为一体的二级皮肤病专科医院，主要从事麻风病防治和皮肤病专科门诊的医疗卫生工作。医院坐落于同安区城南大街，毗邻同安汽车站，交通便利。医院麻风病防治任务主要是麻风病社会防治和麻风病人住院康复治疗，麻风病住院病房（亦称麻风村）设在同安区凤南后坂的偏僻山村，肩负着全市麻风病人的治疗、康复工作；麻风病社会防治主要承担同安、翔安两区的麻风病普查工作。皮肤病专科门诊主要是皮肤病、性病门诊，提供艾滋病初筛实验、皮肤病性病检验、激光治疗等专业、先进的
厦门大学附属中山医院
厦门大学附属中山医院（以下简称中山医院）始建于1928年，由爱国华侨和地方知名人士为弘扬中山先生“天下为公，造福社会”的精神捐资兴建而成，时任厦门大学校长、医学专家林文庆博士出任首任院长，1988年随着厦门经济特区发展迁址重建并于7月1日重新开诊，2005年成为厦门大学首家附属医院，现已发展成为拥有4个院区（院本部、金榜分部、厦禾分部、东部分院[在建]），5家社区卫生服务中心，集医疗、教学、科研、预防保健于一体的三级甲等综合性医院和世界知名高水平研究型大学附属医院。
复旦大学附属中山医院厦门医院
复旦大学附属中山医院厦门医院系厦门市与上海市、复旦大学三方战略合作的重点民生工程，由复旦大学附属中山医院负责管理，位于五缘湾内湾，自2014年开始筹建。
厦门大学附属翔安医院
厦门大学附属翔安医院是由厦门市政府与厦门大学共同投资建设的非营利性公立医院。作为厦门大学的直属附属医院，翔安医院将秉承厦门大学“自强不息、止于至善”的校训，以“国内一流、国际知名”为目标，按照三级甲等医院标准建设成为一所集医疗、教学、科研、预防为一体的综合性临床研究型医院。
厦门大学附属第一医院
栉风沐雨，八十余载守护健康。厦门大学附属第一医院创办于1937年8月，前身是爱国华侨胡文虎先生捐资成立的“福建省立医院”。从50张床位、87人起步，悬壶济世、救死扶伤至今，医院步履坚实地走过了80余年，现已发展成为一所集医疗、教学、科研、预防及康复为一体的闽西南规模最大的三级甲等综合性医院。医院坐落在美丽鹭岛的鸿山脚下，地处市中心，现有编制床位数2500张。除院本部外，还拥有6家分院（其中马銮湾医院1000张床位在建）、1家互联网医院、2家护理院、6家社区卫生服务中心。2020年医院门急诊量335.44万
厦门市海沧医院
厦门市海沧医院是一所专科特色明显的综合性医院，前身为始创于1898年的美国教会医院，至今已有116年的历史。医院于2013年4月19日恢复独立建制，是海沧区惟一的市属三级综合性医院。医院占地面积34289平方米，现有建筑面积17044万平方米，目前开放床位480张，设有临床科室17个，医技科室8个。医院拥有多个重点专科，特别是多学科微创诊疗技术应用（腔镜技术）、肿瘤内科、呼吸内科、泌尿肾脏病诊治等学科在闽西南地区拥有较高知名度。